于府公子惨死，于府之人一夜之间全都变成草人。宋慈奉命调查，发现案情盘根错节，中途也接连遭到草人袭击。朝廷派丁广利协助宋慈，却使得案情更加扑朔迷离，但也让宋慈发现草人案是一场巨大的阴谋。

法医宋慈上任通古县县令，然上任当天便遇到前来盗取绝命诗案卷宗之人，三年前的一场冤案就此浮出水面，召文阁内数名书生又因绝命诗接连惨死，一时间“绝命诗索命”谣言四起，这一切到底隐藏着何种阴谋，真相终将浮出水面，只是隐藏在真相背后的冤屈，妻离子散的家庭，又该如何重聚……

宋慈原是一个饱受歧视的棺材遗腹子，一直靠打更为生，不料一宗命案改变了他的人生。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及验尸官相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县，后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。假宋翊感到蓝彩蝶是他的负担，