地球上，一辆火车突然遭到外星生物入侵，整个列车都陷入瘫痪。关键时刻，一位神秘女子从天而降，及时阻止了正在跟踪人类猎物的外星猎人！而这位神秘的女人其实就是经过重生忘记了身份的第十三任神秘博士，也是《神秘博士》有史以来第一位女博士！随着英国谢菲尔德的人类受到威胁，博士招募了三个新朋友——性格温和的瑞安、做事一丝不苟的小雅以及瑞安的继祖父格雷厄姆。他们一起对抗邪恶的外星人、把被卷入太空的人类平安带回地球、阻止时空秩序被扰乱和破坏、在树林中追赶狡猾的邪恶生物……在共同经历了这一段充满活力、激情和刺激的冒险旅程后，

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士、克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他。之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士内心深处的善良的本性促使他使用永生的力量救活了阿希尔达，但阿希尔达对博士的感情却从最初的崇敬，逐渐变成了憎恨。之后博士和克莱拉一起经历了赛冈星人